Vale Dmitri surm ei peatanud hädasid. Kodusõda jätkus, hõlmates uusi maid, ilmusid uued petturid. Oma valitsemisaja esimesel kuul pidi Vassili Shuisky maha suruma mitu Moskva linna alamklassi esinemiskatset. Moskvas kardeti, et Poola kuningas Sigismund alustab sõda petturi kukutamise ja poolakate peksmise pärast. Seetõttu vabastati maikuu ülestõusu üle elanud mitmetest Poola külalistest ja vale Dmitri palgasõduritest vaid lihtliikmed ning aadlikud jäeti pantvangideks, neile anti korralik hooldus ja neid jaotati järelevalve all erinevatesse linnadesse. Shuisky rikkus diplomaatilist etiketti ja pidas isegi kinni Gonsevski Poola saatkonna Moskvas.
Need hirmud olid aga asjatud. Poolal endal oli raske. Poolakad alustasid sõda Rootsiga ja vallutasid tema käest Liivimaal tagasi Pernovi linna (Pärnu). Lisaks viisid Zaporožje kasakad Hetman Sagaidachny juhtimisel läbi mitmeid edukaid haaranguid ning rüüstasid Kafat ja Varnat. See vihastas Ottomanid ja nad kuulutasid Rahvaste Ühendusele sõja. Tõsi, Türgi armee põhijõud olid seotud sõjaga Pärsiaga ja abiväed saadeti Poola vastu ning poolakad tõrjusid rünnaku tagasi. Poolas endas tõstsid raevu mõned kuninga poliitikaga rahulolematud magnaadid. Riik oli kodusõjas. Seetõttu polnud poolakatel Moskva jaoks aega.
Seega jäi Moskva tähelepanuta tõsisemast ohust - sisemisest. Lõppude lõpuks ei õnnestunud probleeme lahendada. Ja väline oht mängis olulist, kuid mitte peamist rolli. Provints oli nördinud: Bojaari duuma valis tsaari ilma kõigi maade vajaliku toetuseta. Selgus, et bojaarid tapsid "tubli tsaari" ja haarasid võimu, andes trooni "bojaaritsaarile". Provints valutas: põgenike otsingusõna pikendati 15 aastani; sõjaväelased mäletasid vale Dmitri heldeid auhindu; lõunaosa elanikud kartsid võltsija abistamise eest kättemaksu ja terrorit (nagu Godunovi ajal); mures kasakate pärast, kes toetasid aktiivselt valetajat; Shuisky vabanes vale Dmitri toetajatest, saates nad pealinnast eemale, paljud saadeti lõunapiirile.
1606. aasta suvel haarasid kogu riigi lõunaosa spontaansed ülestõusud, mida erutasid kuulujutud „hea tsaar Dmitri päästmisest”. Võitluse keskpunkt uue kuninga vastu Põhjamaal oli esimese petturi "pealinn" - Putivl. Siin valisid mässulised linnaelanikud, talupojad, "suureks komandöriks" nende juurde tulnud Ivan Bolotnikovi. Ivan Bolotnikov oli kõige laialdasemalt levinud versiooni kohaselt vürst Telyatevski pärisorjus. Nooruses põgenes ta isanda juurest stepi juurde kasakate juurde, siin vallutasid ta tatarlased ja müüdi türklaste orjusse. Ta veetis mitu aastat orjuses, kambüüsides sõudjana. Pärast ebaõnnestunud merelahingut kristlaste laevadega türklaste pärast vabastati ta ja ta suundus Veneetsiasse, kus ta elas Saksa kaubanduskeskuses. Siit, olles kuulnud lugusid Vene riigi hädade algusest, liikus Bolotnikov läbi Saksamaa ja Poola Venemaale. Kuulujutud Moskva tsaari Dmitri "imelisest päästmisest" tõmbasid Ivani Samborisse, kus Moskva põgenik Mihhail Molchanov, vale Dmitri I. Molchanovi endine liitlane, varjas end koos oma naise Juri Mnishek Yadviga ja esitas end kuningana. See seikleja tutvustas end Bolotnikovile kui tsaari, kes oli pärast maipööret Moskvas põgenenud. Uus pettur rääkis Bolotnikoviga pikka aega ja saatis talle seejärel kirja prints Grigorij Šakhovskile ning saatis ta Putivlisse oma isikliku saadiku ja “suure vojevoodina”.
Tegelikult on kodusõda jõudnud aktiivsesse faasi. Bolotnikovi armeesse kuulusid Venemaa riigi peamised valdused ja sotsiaalsed rühmad: talupojad ja orjad, Seversk, Terek, Volga ja Zaporožje kasakad, aadli esindajad. Lisaks toetasid ülestõusu aristokraatia esindajad, nende seas vürst Grigori Šahhovski ja Tšernigovi vaasnik Andrei Teljatševski, endine Bolotnikovi omanik.
1606. aasta suvel võeti 30 tuh. Bolotnikovi armee kolis Moskvasse. Vangistati Kromy ja Yeletsi kindlused, mille rikkalik arsenal täiendas mässuliste varusid. Vürstide Vorotõnski ja Trubetskoi kuberneride juhtimisel valitsuse väed said Kromy ja Yeletsis lüüa. Paljud tsaariarmee sõdurid läksid mässuliste poolele. Kasutades ära tsaarivalitsejate vigu, liikusid mässulised kiiresti Moskva poole. Üha rohkem mässuliste talupoegade salku tuli Bolotnikovi armeesse. Pealegi ühinesid teel Moskvasse Bolotnikoviga suured teenistuslike aadlike salgad, kes astusid vastu bojaarist tsaar Shuiskyle. Ryazani vanemkuberner Prokopy Lyapunov ja noorem - Grigory Sumbulov juhtisid Ryazani miilitsat, kangekaelset pealikku Istoma Paškovit - suurt teenindusüksust. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir ja Astrahani mässasid. Volgal mässasid mordvalased ja mari (Tšeremis), nad piirasid Nižni Novgorodi.
Mässulised teel Moskvasse lähenesid Kolomnale. 1606. aasta oktoobris võeti Posad Kolomna rünnaku alla, kuid Kreml jätkas vastupanu. Jättes väikese osa oma vägedest Kolomnasse, suundus Bolotnikov mööda Kolomna teed Moskvasse. Kolomenski rajoonis Troitskoje külas õnnestus tal võita valitsusväed. 22. oktoobril paiknes Bolotnikovi armee Moskva lähedal Kolomenskoje külas. Siin ehitas ta vangla (kindluse) ja hakkas saatma kirju Moskvasse ja erinevatesse linnadesse, kutsudes üles toetama seaduslikku suveräänset Dmitri Ivanovitši ning äratama ebasoodsas olukorras ja vaesed rikaste vastu. „Kõik teie, bojaarorjad, pekske oma bojareid, võtke nende naised ja kogu nende vara, mõisad ja valdused! Te olete üllad inimesed ja teie, keda nimetati spioonideks ja nimetuteks, tapate külalisi ja kaupmehi, jagage nende kõhud teie vahel! Sa olid viimane - nüüd saad bojareid, kavalust, vojevoodkonda! Suudle kogu risti seaduslikule suveräänsele Dmitri Ivanovitšile! Seetõttu saatsid Bolotnikovi vägede teed kohutavad pogrommid, inimesed reageerisid terrorile terroriga, võitlesid nii, nagu oleksid ümberringi võõrad inimesed (ülestõusudest haaratud aladel tegutsesid tsaariväed sarnaselt).
Bolotnikovi miilits jätkas kasvamist, eraldusid sellest üksused, peamiselt orjadest, kes oma rünnakute ja röövimistega hoidsid pealinna piiramisrõngas. Novembris liitusid Bolotnikoviga Ileika Murometsi kasakad. Ta oli veel üks pettur, kes esines Tsarevitš Peeter Fjodorovitšina, kes tegelikult ei eksisteerinud kunagi tsaar Fjodor I Ivanovitši pojana. Moskvalased olid juba valmis Bolotnikovile kuuletuma, paludes neile ainult Tsarevitš Dmitrit näidata ja alustasid isegi temaga läbirääkimisi. Rõõmus Bolotnikov saatis Putivlisse käskjalad. Nagu, las "tsaar" tuleb varem, võit on lähedal. Kuid Dmitri ei ilmunud kunagi kohale. Paljud hakkasid avaldama kahtlusi Dmitri olemasolu suhtes ja läksid Shuisky poolele.
Vahepeal ei istunud Shuisky paigal ja valmistus aktiivselt vasturünnakuks. Moskva eeslinnad ja asulad olid kindlustatud. Kuberneride Skopin-Shuisky, Golitsyn ja Tatev väed asusid elama Serpuhhovi väravasse, kust nad vaatasid vaenlase laagrit. Moskva ja ümbritsevate linnade vahel loodi side, väed valvasid teid. Novembris saabus täiendus Tverist ja Smolenskist, mis koosnesid suures osas aadlikest ja linnaelanikest. Samal ajal pidas Shuisky aktiivselt läbirääkimisi mässulise laagri õilsa osaga. Ljapunovid ja Paškovid vihkasid Shuiskyt, kuid kartsid "märatsemise" mässu.
Bolotnikovi armee kasvas 100 tuhandeni (tema väed tegutsesid suurel territooriumil), kuid tema võitlusomadused langesid. Mässuliste seas oli palju orje, hulkureid, talupoegi, kellel puudusid lahingukogemused, olid halvasti relvastatud ja organiseeritud. Kasakad ja aadlikud - kaks armee võitlustuuma, neid põlgati. Siiski vastandusid nad ka üksteisele. Selle tulemusel tekkis Bolotnikovi armees lõhe: üks laager koosnes aadlikest ja bojaarlastest, teine aga orjad, kasakad ja muud inimesed. Viimase juhiks olid Ivan Bolotnikov, esimesele - Istoma Paškov ja vennad Ljapunovid. Juhtide vahel tekkisid lahkarvamused, mille tagajärjel läksid esmalt Ljapunovid ja seejärel Istoma Paškov Shuisky poolele. Vahepeal kindlustas Shuisky Moskva põhjalikult, moodustas teiste linnade miilitsadest uue armee. Lisaks meelitas Shuisky Bolotnikovi laagrist palju aadlikke, lubades neile tasu ja auastmeid.
Nähes, et olukord halveneb ja Shuisky väed kasvavad, otsustas Bolotnikov rünnata. 26. novembril üritas ta Simonovi kloostrit vallutada, kuid tsaariaegsed väed võitsid teda noore ja andeka ülema, tsaar Mihhail Skopin-Shuisky õepoja juhtimisel. Lahingu otsustaval hetkel lahkus mässuliste leerist suur aadlipalk Paškov, see otsustas lahingu tulemuse tsaariarmee kasuks. Bolotnikovi väed olid kinnistunud Kolomna laagrisse. Skopin-Shuisky piiras bolotnikovlasi ja hakkas tulistama. Tsaar Vassili püüdis Bolotnikoviga ise kokkuleppele jõuda, lubas kõrget auastet, kuid mässuliste juht keeldus rahule minemast. Pärast kolmepäevast suurtükituld ei suutnud Bolotnikovi kirju armee seda taluda ja põgenes. Osa kasakaid võttis võimust Zaborie küla juures, kus 2. detsembril mässulised taas lüüa said. Ataman Bezzubtsevi kasakad läksid Skopin-Shuisky poolele. Tsaar Vassili andestas neile. Ülejäänud lahingus või lennu ajal võetud vangid poodi üles või uimastati nuiadega, uputati. Bolotnikov põgenes Serpuhhovi ja seejärel läks Kaluga, Ileika Muromets Tulasse.
Seega ei suutnud mässulised kunagi pealinna võtta. Otsustavas lahingus said tsaariaegsed vojevoodid bolotnikovlased lüüa, millele aitas kaasa tsaar Vassili Shuisky poolele läinud aadlike üksuste reetmine.
Kalugas kogus Bolotnikov umbes 10 tuhat inimest. Seda piirasid tsaariväed. Peakomandör oli aga tsaari Ivan Shuisky andetu vend. Selle tagajärjel venis Kaluga piiramine 1606. aasta detsembrist kuni 1607. aasta maini. Mässulised kaitsesid end oskuslikult ja meeleheitlikult, tõrjusid rünnakuid, tegid julgeid korraldusi, põhjustades tsaariarmeele suurt kahju. Tsaariaegsed kubernerid otsustasid puidust kindluse maha põletada ja hakkasid ümberkaudseid talupoegi mobiliseerima ning hakkasid varustama küttepuudega, millega nad seinad vooderdasid. Mässulised aga arvasid seda plaani ja lasid õhku "pühkimise", tappes ja sandistades suure hulga tsaarisõdalasi. Sel ajal üritasid teised mässulised Kaluga blokeerida, kuid said lüüa. Niisiis võitis Ivan Romanovi armee jõel Mezetsky salga, mille Šahhovski saatis Putivlist Bolotnikovile appi. Vyrke.
Hiljem püüdsid Teljatševski ja Pseudo-Peetri väed Bolotnikovi juurde tungida. 1. mail 1607 võitsid Doni ja Ukraina kasakad Pchelna jõel tsaarivägesid. Kasutades piiramisarmee segadust ära, tegi Bolotnikov lahingu ja alistas tsaarikubernerid, kes taandusid, loobudes suurtükiväest ja pagasirongist. Osa tsaariarmeest läks üle mässuliste poolele. Ainult Skopin-Shuisky rügement lahkus täiuslikus korras. Pärast seda kolis Bolotnikov Tulasse, kus asus võimsam kivilinnus, ja ühines teiste mässuliste üksustega.
Seejärel alustas Bolotnikov 2. kampaaniat Moskva vastu. Tsaar Vassili aga ei istunud käed rüpes. Kuulutati välja "austusavaldusega" inimeste mobiliseerimine ("austusavaldus" - linnaelanikest ja talurahvakogukondadest kutsutud sõdalased) üle kogu riigi ja juhtis isiklikult Serpukhovis loodavat suurt armeed. Ülestõusu keskused purustasid järk -järgult. Mässumehed aeti Nižni Novgorodist tagasi. A. Golitsyn alistas Kashira lähedal Teljatševski. Mõne tundmatu Peetruse ilmumine oodatud “hea tsaari” Dmitri asemele, kes vallandas vastaste vastu hirmu, jahutas paljusid, mässulised linnad rahunesid, tõid ülestunnistuse. Mais liikus tsaariarmee mässuliste poole. Tsaar osales kampaanias ise ja üksikuid rügemente juhtisid Mihhail Skopin-Shuisky, Pjotr Urusov, Ivan Shuisky, Mihhail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov ja Fjodor Bulgakov.
Bolotnikovlased üritasid tsaariarmee põhijõududest mööda minna ja Moskvasse minna, kuid Kashirast mööda minnes kohtusid mässulised Vosma jõe ääres tsaariarmee küljega. 5.-7. Juunil 1607 toimus lahing. Bolotnikoviitidel oli tugevus eelis - 30-38 tuhat sõdurit. Tula kuberner aga reetis Bolotnikovi ja 4 tuhandega. üksus läks üle tsaarivägede poolele. Ja Ljapunovi Rjazani üksused läksid Bolotnikovi armee tagalasse. See tekitas bolotnikoviitides paanikat ja nad taandusid. Osa Bolotnikovi vägedest lõigati ära ja vallutati, vangid hukati. Pärast Vosemski lahingut aeti Bolotnikovi armee tagasi Tulasse.
Tsaar Vassili Shuisky saatis Bolotnikovi jaoks mitu rügementi eesotsas Mihhail Skopin-Shuiskyga. Tula äärelinnas otsustas Bolotnikov sõdida Voronya jõel, mässulised sulgesid end serifidega ja tõrjusid pikka aega tsaari ratsaväe rünnaku. Mõlemad pooled said suuri kaotusi. Vibulaskjad tegid aga ringmanöövri, bolotnikovlased kõikusid ja jooksid, paljud said tagaajamise käigus surma. Bolotnikov kaotas nendes lahingutes poole oma vägedest - umbes 20 tuhat inimest. Ülejäänutega lukustas ta end Tulasse. Seega sai Bolotnikov otsustava kaotuse ja kaotas strateegilise initsiatiivi.
30. juunil lähenes Tula tsaar Vassili ise koos põhiarmeega. Kaasaegsed teatasid, et tsaariarmees oli 100–150 tuhat inimest. Bolotnikovil ja "Tsarevitš Peetril" on jäänud mitte rohkem kui 20 tuhat inimest. Piiramisrelvad hakkasid mõlemast pangast linna tulistama. Tulal olid aga võimsad kindlustused ja Bolotnikovile jäi mässuliste kõige tõhusam tuum. Seetõttu pidas piiramatu vastu kuni 1607. aasta oktoobrini. Piiramise algusjärgus tegid linna kaitsjad võitlusi ja kaitsesid vapralt. Kõik tsaarivalitsejate katsed linna tormiga vallutada osutusid ebaõnnestunuks.
Siis otsustasid tsaariväed bojaar Ivan Krovkovi poja Muromi idee peale tõkestada Upu jõe linna all tammiga, et Tula oleks üle ujutatud. Paremal soisel kaldal püstitati umbes poole miili suurune tamm, mis pidi takistama jõe sügisese üleujutuse ajal madalikule voolamist, kuid põhjustama veetaseme järsu tõusu. Tõepoolest, sügisene üleujutus lõikas linna täielikult välismaailmast, muutes selle soiseks saareks keset täiesti üleujutatud tasandikku. Kahjustada sai palju laskemoona, samuti keldrites hoitud vilja- ja soolavarud. Peagi algas Tulas kohutav nälg ja epideemia, mis süvendas mässuliste sisemisi vastuolusid. Mässulised üritasid tammi õhku lasta, kuid seesama Kravkov hoiatas Shuiskyt ja katse ebaõnnestus.
Bolotnikov saatis piiramise ajal rohkem kui üks kord saadikuid Mihhail Molchanovi ja Grigorij Šahhovski juurde, kuid edutult. Ja tsaar Vassili seisis silmitsi uue ohuga. Ilmus uus pettur - vale Dmitri II, kes oli juba suutnud hõivata Severshchina, Brjanski ja Verhovskaja maad. Bolotnikovile pakuti läbirääkimisi linna alistumise tingimuste üle. Shuisky lubas säilitada ülestõusu juhtide ja osalejate vabaduse. Saavutatud kokkulepe pitseeriti piduliku vandega ja 10. oktoobril 1607 avas Tula oma väravad tsaariväele.
Tsaar Vassili pettis ülestõusu juhte. Shuisky kiirustas teatama, et andestamine kehtib ainult tavalistele "Tula vangidele", mitte ülestõusu juhtidele. Tulyakid said tõepoolest armu, mässulised aadlikud pääsesid pagendustega. Šahhovski sai mungaks. "Tsarevitš Peetrus" poodi üles. Bolotnikov saadeti Kargopoli ja uppus salaja. Paljud tavalised mässulised saadeti linnadesse ja need, kes sattusid Moskvasse, ilma müra ja tolmuta, kägistati.
Nii kustutas Moskva valitsus talurahvasõja, koondades praktiliselt kõik reservid ja reageerides terrorile terroriga. Kuid Shuisky, olles suurema osa armeest laiali saatnud ja arvanud, et segadus hakkab lõppema, tegi valearvestuse. Kõik alles algas. Ilmus teine vale Dmitri, millega liitusid bolotnikovlaste jäänused. Poola muutus taas aktiivseks.
